Celem Towarzystwa jest grupowanie naukowców, przedstawicieli nauk farmaceutycznych, chemicznych i innych, którzy prowadzą badania w szeroko rozumianej dziedzinie badań nad lekiem (CHEMIA MEDYCZNA), umożliwienie wzajemnych kontaktów i wymiany informacji.
Celem Towarzystwa jest także wspieranie rozwoju badań naukowych z wykorzystaniem metod chemii medycznej oraz popularyzacja chemii medycznej w Polsce.